Apesar da exploração de madeira, lenha e outros usos quando ainda pertencia à Fazenda Butantan, bem como degradações posteriores decorrentes de seu isolamento e da urbanização que o circunda, esse fragmento de Floresta Atlântica ainda mantém uma grande riqueza vegetal. 

Somando-se às espécies arbóreo-arbustivas listadas por Dislich em 2002, as herbáceas, subarbustivas, lianas e hemiepífitas catalogadas por Groppo-Jr. & Pirani em 2005 e as epífitas listadas por Dislich & Mantovani em 1998, a RFIB totaliza 406 espécies de plantas vasculares. Devido às muitas pesquisas realizadas, principalmente por pesquisadores/as do IB, este fragmento florestal possui uma das mais completas listas florísticas da cidade de São Paulo. Merece destacar a existência de árvores de grande porte, como cedros (Cedrela fissilis), araribás (Centrolobium tomentosum) e figueiras (Ficus spp.).